Im 23. Jahrhundert: Die U.S.S. Enterprise befindet sich auf einem Routine-Manöver. Admiral Kirk scheint bedrückt, da diese Inspektion wahrscheinlich die letzte seiner Laufbahn sein wird. Doch Khan ist zurückgekehrt: Unterstützt von seiner ebenfalls genetisch verbesserten Gefolgschaft hat er die Kontrolle eines Föderationsraumschiffs an sich gerissen, die Weltraumstation Regula One überfallen und das Top-Secret-Projekt "Genesis" gestohlen. Nun plant Khan eine tödliche Falle für James T. Kirk, der ihn seinerzeit auf einen Exilplaneten verbannte. Es kommt zum gnadenlosen Showdown zwischen den alten…